به‌منظور شناسایی تنوع‌های تک نوکلئوتیدی (Single nucleotide polymorphism) در ژن‌های بتا سیکلاز (CYC-B) و فیتون سنتاز (PSY1) در ۹۳ ژنوتیپ گوجه‌فرنگی و سه رقم تجاری، قطعاتی به‌طول ۴۰۹ و ۱۰۰۰ جفت‌باز از نواحی کد‌کننده این دو ژن تکثیر شد. سپس جهت آشکارسازی چندشکلی در نواحی تکثیری این ژن‌ها، هضم قطعات تکثیری با آنزیم‌های برشی Tru1I وPstI  انجام گرفت ولی چندشکلی بین ژنوتیپ‌ها مشاهده نشد. بنابراین چهار فرد از جمعیت‌های مختلف (ارومیه، سردشت، ترکیه و بوکان برای ژن CYC-B، ارومیه، سردشت، ترکیه و پیرانشهر برای ژن PSY1) انتخاب و قطعه تکثیری ژن‌ها در این افراد توالی‌یابی شد. بعد از بازیابی قطعه تکثیری هر ژن، شناسایی SNPها با استفاده از هم‌ردیفی توالی‌های هر ژن با نرم‌افزار Clustal Omega انجام گرفت. در ژن CYC-B هشت SNP شناسایی شد که ۷۵ درصد آن‌ها از نوع همجنس با فراوانی ۵۰ درصد A/G، ۲۵ درصد  T/Cو ۲۵ درصد آن‌ها از نوع غیر‌همجنس با فراوانی 5/12 درصد C/A و 5/12 درصد G/C بود. در ژن PSY1 نیز هشت SNP شناسایی شد که به‌ترتیب سه و پنج SNP در ناحیه‌ی اگزون و اینترون قرار داشت. 5/62 درصد این SNPها از نوع همجنس با فراوانی 5/37 درصد A/G، ۲۵ درصد T/C و 5/37 درصد آن‌ها از نوع غیر‌همجنس با فراوانی ۲۵ درصد C/G و 5/12 درصد C/A بود. میانگین تعدادSNP ها به ازای هر ۱۰۰ جفت‌باز در قطعه تکثیر شده ژن CYC-B، 44/0 بود در حالی‌که در نواحی اینترونی و اگزونی ژن PSY1 به‌‌ترتیب 26/1 و 71/0 بود. SNPهای شناسایی شده در این تحقیق می‌تواند در تهیه نقشه‌های ژنتیکی و همچنین شناسایی نشانگرهای عملکردی مرتبط با صفت رنگ میوه در گوجه‌فرنگی مورد استفاده قرار گیرد.