غرقابی یکی از تنش‌های غیرزیستی است که رشد و عملکرد نیشکر را کاهش می­دهد. نیشکر نسبتاً به تنش غرقابی متحمل است با این حال میزان آسیب به گیاه به ژنوتیپ، شرایط محیطی، مرحله­ی رشد و مدت زمان تنش بستگی دارد. به‌دلیل عدم وجود اطلاعات کافی از نقش تنظیمی miRNAها و ژن­های هدف آن‌ها در پاسخ گیاه نیشکر به تنش غرقابی، براساس نتایج حاصل از مطالعات در گیاهان مدل و هم خانواده از جمله سورگوم، miR160 و miR393 و ژن‌های هدف آن‌ها یعنی AEF17 و AFB2 انتخاب و بیان آن‌ها با استفاده از روش qRT-PCR در دو واریته تجاری CP48-103 و CP69-1062 تحت تیمار 7 و 14 روز تنش غرقابی در مقایسه با گیاهان شاهد مورد بررسی قرار گرفت. نتایج مقایسه بیان نسبی نشان داد، miR160 و miR393 در هر دو واریته تحت شرایط تنش افزایش بیان داشتند و نقش مهار منفی آن‌ها در کاهش بیان ژن هدف یعنی ARF17 و AFB2 نمایان گشت. نقش تنظیم منفی miR160 و miR393 بر ژن‌های ARF17 و AFB2 در تنش 14 روز بیش‌تر بود، همچنین در واریته CP69-1062 در مقایسه با واریته CP48-103 این نقش برجسته‌تر بود.