دوره 18، شماره 2 - ( 7-1402 )
جلد 18 شماره 2 صفحات 123-111 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Mokhtari A, Omidi M, Ebrahimi M, Alizade H, Sobhani A. Evaluation of the transcriptome of valerian (Valeriana officinalis) to identify genes involved in terpenoids biosynthesis pathway. MGj 2023; 18 (2) : 1
URL: http://mg.genetics.ir/article-1-1793-fa.html
URL: http://mg.genetics.ir/article-1-1793-fa.html
مختاری آرش، امیدی منصور، ابراهیمی مرتضی، علیزاده هوشنگ، سبحانی احمد. ارزیابی ترانس‌کریپتوم گیاه دارویی سنبل‌الطیب (Valeriana officinalis) به منظور شناسایی ژن‌های دخیل در مسیر بیوسنتز ترپنوئیدها. فصلنامه علمی ژنتیک نوین. 1402; 18 (2) :111-123
پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران
چکیده: (820 مشاهده)
گیاه دارویی سنبل‌الطیب منبع ترکیبات دارویی مؤثر برای درمان اعصاب، صرع و مشکلات خواب است. این ترکیبات عمدتاً از دسته ترپن‌ها (سزکوئی‌ترپنوئیدها) هستند که مسیر بیوسنتزی آن‌ها در سنبل‌الطیب تا حد کمی شناخته شده است. نظر به فقدان توالی ژنومی این گیاه، مطالعات مبتنی بر مونتاژ de novo ترانس‌کریپتوم حایز اهمیت است. در این مطالعه، دو ابزار Trinity و rnaSPAdes برای ساخت مونتاژ de novo از روی داده‌های SRR موجود در این گیاه انجام شد. در ادامه و به‌منظور تعیین مونتاژ بهینه، ابزار کمکی شامل CAP3 و CD-HIT-EST بر روی مونتاژهای اولیه اعمال شد. با توجه به نتایج ابزار سنجش کیفیت از قبیل، rnaQUST، SeqKit statistics و BUSCO، اعمال ترکیبی دو ابزار CAP3 و CD-HIT بر روی Trinity (T-CAP-CD) از لحاظ پارامترهای مختلف منجر به تولید مونتاژ بهینه شد. در مرحله انتولوژی با ابزار گیاه-ویژه، فوق‌العاده سریع و جامع Hayai-Annotation Plants، 78/57 درصد از ژن‌های مونتاژ T-CAP-CD در سه زیر گروه (BP, MF, CC) حاشیه‌نویسی‌شد. در بررسی مرتبط با بازسازی مسیر KEGG، تعداد 30 ارتولوگ ژنی در مسیر ستون فقرات بیوسنتزی ترپنوئیدها و 7 ارتولوگ ژنی نیز در مسیر بیوسنتز سزکوئی‌ترپنوئیدها شناسایی شد. بیشترین فراوانی خانواده‌های فاکتورهای رونویسی به‌ترتیب متعلق به bHLH (5/9 درصد)، NAC (3/7 درصد) و MYB (6/6 درصد) بود.
شماره‌ی مقاله: 1
نوع مطالعه: پژوهشی کامل |
موضوع مقاله:
ژنتیک گیاهی
دریافت: 1401/8/26 | پذیرش: 1401/12/9 | انتشار: 1402/7/2
دریافت: 1401/8/26 | پذیرش: 1401/12/9 | انتشار: 1402/7/2
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
