در این تحقیق با استفاده از 15 آغازگر ISSR تنوع ژنتیکی در سه گونه کاکوتی شامل tenuior از 19 منطقه persica از 5 منطقه و capitata از 5 منطقه جغرافیایی ایران مورد بررسی قرار گرفت. در مجموع 154 قطعه تکثیر شد که به‌ترتیب در گونه tenuior، persica و capitata 67/86، 13/81 و 84 درصد از باندها چندشکل بودند. متوسط تعداد باند برای هر آغازگر در تمام گونه‌ها برابر 26/10 و متوسط تعداد باندهای چند شکل در گونه‌های tenuior، persica و capitata به‌ترتیب برابر 8/3، 6/7 و 8/6 بود. بیشترین محتوای اطلاعات چندشکل (PIC) در گونه‌های tenuior، persica و capitata به‌ترتیب متعلق به آغازگرهای (46/0) 805UBC-، (35/0) 811UBC- و (37/0) 824UBC- بود. نتایج تجزیه خوشه‌ای حاکی از آن بود که نشانگر ISSR توانست به راحتی گونه tenuior را از دو گونه دیگر یعنی persica و capitata تفکیک نماید، هرچند که در تفکیک دو گونه اخیر ناتوان بود. تجزیه واریانس مولکولی نشان داد از کل تنوع ژنتیکی مشاهده شده، 38 درصد مربوط به بین جمعیت‌ها و 62 درصد مربوط به درون جمعیت‌ها می‌باشد. نتایج تجزیه به مختصات اصلی بیانگر آن بود که دو بردار اول در مجموع 3/80 درصد از واریانس کل را توجیه نمودند، که نشان از همبستگی بالای آغازگرهای انتخابی داشت. بنابراین با تعداد کمتر آغازگر و در نتیجه هزینه، امکان تفکیک گونه tenuior از دو گونه دیگر نیز وجود دارد. با توجه به اینکه آغازگرهای 805UBC-، 811UBC- و 812UBC- در گونه tenuior حاوی بیشترین اطلاعات چند شکلی و شاخص نشانگر بودند و چند شکلی صد درصدی نیز نشان دادند، می‌توان آن‌ها را آغازگرهای کارآمدی برای بررسی تنوع ژنتیکی در این گونه در نظر گرفت. در کل تنوع ژنتیکی بالایی در گیاه کاکوتی در این مطالعه شناسایی شد که در مدیریت و نگهداری ذخایر توارثی این گیاه می‌تواند مفید باشد.