اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران
چکیده: (1876 مشاهده)
هدف از این مطالعه ارزیابی صحت مکانیابی QTL و پیشبینیهای ژنومی سه صفت ایمنی شامل تعداد سلولهای B، CD4 و CD8 بر اساس دو روش آمای بیزی شامل بیز Cπ و لاسو و GBLUP بر روی ۱۰۹۴ موش هتروژنوس بود. دادههای ژنوتیپی متشکل از ۱۰۹۴ حیوان با ۱۲۲۲۶ جایگاههای چندشکلی تک نوکلئوتیدی (SNPs) بر روی ۱۹ کروموزوم اتوزومی بعد از کنترل کیفیت دادههای SNPs برای نرخ خوانش به ازای هر فرد و SNP و حداقل فراوانی آللی بودند. از هفت مدل آماری با در نظر گرفتن اثرات افزایشی و غالبیت نشانگرها و همچنین آثار پلیژنیک حیوان برای برآورد اثر SNPs و پیشبینی مؤلفههای واریانس استفاده شد. اثر SNPها با روش بنفرونی تصحیح شد و صحت برآورد ارزشهای اصلاحی ژنومی با روش cross-validation ارزیابی شدند. مکانیابی نهایی جایگاههای کنترل کننده صفات کمی با هفت مدل و سه روش آماری برای سه صفت تعداد سلولهای B، CD4 و CD8 به ترتیب ۱۰، ۶ و ۷ QTL را بر روی کروموزومهای ۱، ۳، ۵، ۷، ۸، ۹، ۱۲، ۱۴، ۱۶، ۱۷ و ۱۸ نشان داد. نتایج این مطالعه نشان داد که افزودن آثار افزایشی و غالبیت نشانگرها به همراه اثر پلیژنیک حیوان منجر به افزایش صحت پیشبینی میشود. همچنین، روش آماری نیز یکی از عاملهای مؤثر در صحت پیشبینیهای ژنومیک هستند. بالاترین پیشبینی ژنومیک برای تمام صفات مربوط به مدل ۷ و روش بیز لاسو بود. تفاوت بین روشهای آماری مربوط به پسزمینه ژنتیکی و همچنین فرضیاتی است که برای میزان تنوع آثار نشانگرها در نظر گرفته میشود.
نوع مطالعه:
پژوهشی کامل |
موضوع مقاله:
ژنتیک جانوری دریافت: 1395/12/4 | پذیرش: 1397/7/15 | انتشار: 1398/7/9