درخت به (Cydonia oblonga Mill.) از نظر سازگاری گرده، گونه‌ای خودسازگار محسوب می‌شود، لیکن سطوح متفاوتی از خود ناسازگاری در ارقام و ژنوتیپ‌های آن گزارش شده است. با توجه به عدم بررسی آلل‌های خودناسازگاری مکان ژنی و تنوع احتمالی آللی این مکان ژنی (S) در درخت به و تاثیر آن در میزان خود ناسازگاری، در این تحقیق به ارزیابی تنوع در مکان ژنی خودناسازگاری، جداسازی، تعیین توالی و ودیعه‌گذاری اولین آلل خودناسازگاری در شماری از ارقام و ژنوتیپ‌های بومی این درخت پرداخته شد. آغازگرهای مورد استفاده بر اساس نواحی محافظت شده C1 و C5 مکان ژنی S در گونه‌های نزدیک مشتمل بر سیب و گلابی طراحی شدند. ژنوتیپ‌های مورد بررسی مشتمل بر 55 رقم و ژنوتیپ از استان‌های اصفهان، خراسان‌رضوی، اردبیل و گیلان بودند و تکثیر این مکان ژنی نشان‌دهنده تنوع آن در ژنوتیپ‌ها بود. قطعات تکثیری با طول بین 500 تا 1100 باز در 13 اندازه مختلف در ارقام و ژنوتیپ‌ها مشاهده شدند که به‌صورت Sq1 تا Sq13 به‌صورت مقدماتی کدگذاری شدند. بیش‌ترین فراوانی آللی مربوط به آلل Sq13 با 7/17 درصد فراوانی و پس از آن آلل Sq4 با 4/14 درصد فراونی بود. تعیین ‌توالی کامل این مکان ژنی در ژنوتیپ KM1 یا به ترش‌اصفهان ضمن تشخیص اولین آلل خودناسازگاری این گونه که به‌صورت S1 (MF281258) نام‌گذاری و ودیعه­گذاری شد، بیانگر بالاترین شباهت این آلل با دو آلل خودناسازگاری S6 گونه سیب Malus domestica Borkh. و آلل Ss (S111) گونه گلابی Pyrus communis L. به‌ترتیب با 94 و 93 درصد شباهت نوکلئوتیدی بود.