جنس آژیلوپس به‌واسطه پتانسیل اصلاحی خود هم‌چون تحمل به انواع تنش­های غیر زیستی و زیستی یک منبع ژنتیکی غنی و متنوع برای اصلاحگران گندم بشمار می­آید. هدف اصلی این پژوهش ارزیابی تنوع ژنتیکی موجود در 91 توده آژیلوپس متعلق به دو گونه Ae. cylindrica و Ae. crassa با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره (SSR) بود. تعداد 25 آغازگر SSR استفاده شده در این ارزیابی در مجموع 49 قطعه تکثیر نمودند. متوسط شاخص­های محتوای اطلاعات چندشکل (PIC)، تنوع ژنی (H)، قدرت تفکیک (Rp) و شاخص نشانگر (MI) به‌ترتیب برابر با 26/0، 34/0، 29/1 و 51/0 بود. نتایج حاصل از تجزیه واریانس مولکولی (AMOVA) نشان داد بیشترین سهم تنوع ژنتیکی مربوط به تنوع بین گونه­ای بود. بر اساس پارامترهای ژنتیکی مشخص شد که گونه Ae. crassa نسبت به Ae. cylindrica از تنوع ژنتیکی بیشتری برخوردار است. تجزیه خوشه­ای بر اساس ضریب جاکارد و الگوریتم Neighbor-joining کلیه توده­های مورد بررسی را در دو گروه اصلی تفکیک نمود، به طوریکه توده­های مربوط به هر گونه به خوبی از یکدیگر متمایز شدند. نتایج تجزیه به مختصات اصلی (PCoA) نشان داد دو مؤلفه نخست 98/64 درصد تغییرات مولکولی را توجیه نمودند و بای پلات ترسیم شده توده­های مربوط به هر گونه را در گروه جداگانه­ای تفکیک نمود. تجزیه ساختار جمعیت نشان داد توده­های مورد بررسی در پنج زیر جمعیت واقعی تفکیک شدند به‌طوری‌که متوسط شاخص تمایز جمعیت­ها (F_ST) نیز بین  52/0 تا 90/0 با میانگین 76/0 متغیر بود. به‌طور‌کلی نتایج این پژوهش نشان داد سطح بالایی از تنوع ژنتیکی درون جمعیت­های وحشی Ae. cylindrica و Ae. crassa بر اساس داده­های SSR وجود دارد که این میزان تنوع ژنتیکی می­تواند به‌عنوان ابزاری جهت بهره­برداری از این منابع ژرم­پلاسمی در برنامه­های اصلاحی گندم و همچنین می‌توان از این نشانگر در سایر مطالعات ژنتیکی مانند نقشه‌یابی QTL و تجزیه ارتباط به‌کار گرفته شود.