خشکی یکی از مهم‌ترین تنش‌های غیر زیستی است که تولید محصولات زراعی را در جهان محدود کرده است. شناسایی ژنوتیپ‌های برتر محصولات زراعی خصوصاً از نظر تحمل به خشکی، گام مهمی در برنامه‌های به نژادی می‌باشد. استفاده از نشانگر‌های مولکولی در انتخاب ژنوتیپ‌های برتر سبب کاهش مدت زمان اصلاح و هزینه پروژه‌های اصلاحی می‌شود. در این تحقیق 20 هیبرید چغندرقند برای بررسی تنوع با 10 آغازگرSSR  و 9 آغازگر RAPD و تعیین ارتباط این تنوع با خشکی استفاده شدند. پس از تکثیر قطعات با استفاده از آغازگرها، الگوی نواربندی با یک و صفر نشان داده شدند و تجزیه‌های آماری صورت گرفت. شاخص‌های بررسی تنوع ژنتیکی نشان داد که بیشترین تنوع در آغازگر SSR و RAPD به‌ترتیب مربوط به آغازگر BQ583448 (76%) و آغازگرJ  (44%) بود. تجزیه خوشه‌ای براساس داده‌های مولکولی با استفاده از ضریب تشابه جاکارد و روش UPGMA انجام شد. با توجه به بررسی‌های صورت گرفته بر روی تجزیه‌ی خوشه‌ای شاخص STI (Stress Tolerance Index) (حاصل مطالعات قبلی) و نشانگر‌های مولکولی استفاده شده، مشاهده شد که  از میان‌‌های نشانگر‌های SSR استفاده شده در این تحقیق، آغازگر  BQ583448و آغازگر FDSB502 و از میان نشانگر‌هایRAPD ، آغازگر‌هایJ  و A سبب تفکیک ژنوتیپ‌های حساس و متحمل به خشکی شدند. بررسی تنوع ژنتیکی از نظر تحمل به خشکی با نشانگر SSR  تا حدودی مفید بوده و این نشانگر می‌تواند در برنامه‌های بهبود تحمل به خشکی در چغندرقند مورد استفاده قرار گیرد.