دوره 16، شماره 4 - ( 10-1400 )                   جلد 16 شماره 4 صفحات 361-349 | برگشت به فهرست نسخه ها

XML English Abstract Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Ataei S, Ahmadi J, Marashi S. Utilization of CTAnalyzer algorithm to identify pri-microRNA candidate sequences in the genome of Azadirachta indica. MGj. 2021; 16 (4) :349-361
URL: http://mg.genetics.ir/article-1-1699-fa.html
عطائی سبحان، احمدی جعفر، مرعشی سیدامیر. استفاده از الگوریتم CTAnalyzer به منظور شناسایی توالی‌های کاندید pri-microRNA در ژنوم Azadirachta indica. فصلنامه علمی ژنتیک نوین. 1400; 16 (4) :361-349

URL: http://mg.genetics.ir/article-1-1699-fa.html


دانشگاه بین المللی امام خمینی (ره)
چکیده:   (27 مشاهده)

ساختارهایی که مولکول­های microRNA بالغ از آن­ها حاصل می­شوند (pri-microRNA و pre-microRNA) دارای ویژگی­های به‌خصوصی هستند که آن­ها را از مولکول‌های مشابه، متمایز ساخته و برای آنزیم‌ها و پروسسورها قابل شناسایی می‌نماید. این خصوصیات­ عمدتاً متاثر از ویژگی‌های ساختار ثانویه مولکول RNA است. به‌همین دلیل، تا به امروز الگوریتم­های متعددی به‌منظور پیش‌بینی ساختار ثانویه برای توالی‌های پلی­نوکلئوتید طراحی شده است. نرم‌افزار CTAnalyzer الگوریتمی است که با هدف رقومی­سازی ویژگی­های ساختارهای ثانویه مولکول RNA طراحی شده و طبقه‌بندی این ساختارها را با محوریت ویژگی­های مهم در شناسایی مولکول­های microRNA انجام می‌دهد. در تحقیق حاضر، نرم‌افزار CTAnalyzer با تعریف فیلترها و ضوابط مناسب، برای بررسی و طبقه‌بندی ساختارهای ثانویه استخراج شده از توالی ژنوم گیاه Azadirachta indica مورد استفاده قرار گرفت و هدف از این پژوهش، بررسی کارامدی این نرم‌افزار در شناسایی جزئیات ساختاری RNA دو رشته­ای و دسته­بندی توالی­ها برمبنای ویژگی­های ساختارهای ثانویه آن­ها بود. برای این منظور همردیفی بین ژنومA. indica  و تمام توالی­های miR گیاهی به‌وسیله الگوریتم BLASTn انجام گرفت و تعداد 80217 ناحیه در سراسر ژنومA. indica  با هومولوژی قابل قبول شناسایی شدند. پس از گسترش طولی نواحی شناسایی شده در هم‌ردیفی و حذف توالی‌هایی که در نواحی کدکننده ژنوم قرار داشتند، برای 38067 توالی باقی‌مانده پیش‌بینی ساختار ثانویه انجام گرفت. مقادیر مورد توافق برای ضوابط مربوط به ساختارهای ثانویه microRNA در فیلتر نرم‌افزار CTAnalyzer تعریف شد و این نرم‌افزار موفق به شناسایی و معرفی توالی‌های کاندید microRNA شد. بر اساس نتایج نرم‌افزار CTAnalyzer از کل 566754 ساختار ثانویه مورد بررسی برای شناسایی microRNA‌های ژنوم A. indica، تعداد 482 ساختار ثانویه (08/0 درصد) با دارا بودن تمام ویژگی‌های مورد تایید برای microRNA‌ها شناسایی شدند.

متن کامل [PDF 500 kb]   (20 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشی کامل | موضوع مقاله: ژنتیک گیاهی
دریافت: 1400/1/24 | پذیرش: 1400/8/23 | انتشار: 1400/10/11

ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA

ارسال پیام به نویسنده مسئول


بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.

کلیه حقوق این وب سایت متعلق به فصلنامه علمی ژنتیک نوین می باشد.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

© 2022 CC BY-NC 4.0 | فصلنامه علمی ژنتیک نوین

Designed & Developed by : Yektaweb