شنبلیله با نام علمی Trigonella foenum-graecum یکی از گیاهان دارویی و معطر می‌باشد که منبعی غنی از دو ماده ارزشمند دیوسژنین و تریگونلین است. تجزیه تنوع ژنتیکی با استفاده از روش‌های قابل اعتماد، اطلاعات مفیدی برای برنامه‌های به‌نژادی گیاهان و همچنین حفاظت از ذخایر ژنتیکی فراهم می‌کند. در این مطالعه، تنوع ژنتیکی ۴۰ ژنوتیپ شنبلیله با استفاده از دو نشانگر هدفمند ژنی مورد بررسی قرار گرفت. تعداد 17 آغازگر، شامل 7 آغازگر SCoT و ۱۰ آغازگر CBDP به‌ترتیب ۷۸ و ۹۳ قطعه ژنومی را در اکسشن‌های مورد مطالعه تکثیر نمودند که از این تعداد، به‌ترتیب ۶۵ و ۷۸ باند چندشکلی نشان دادند. متوسط شاخص محتوای اطلاعات چندشکل (PIC) برای آغازگرهای SCoT و CBDP به‌ترتیب 37/0 و 29/0 به‌دست آمد که نشان‌دهنده برتری نسبی نشانگر SCoT نسبت به CBDP از لحاظ قدرت تفکیک بود. دندروگرام حاصل از تجزیه کلاستر با الگوریتم UPGMA و بر مبنای ضریب فاصله Dice، ۴۰ نمونه مورد مطالعه را در چهار گروه اصلی دسته‌بندی نمود که این نتایج با نتایج تجزیه به مختصات اصلی همخوانی داشت. نتایج تجزیه واریانس مولکولی (AMOVA) بیانگر سهم بیشتر واریانس درون گروه‌ها در مقایسه با واریانس بین گروه‌ها بود. در بین پنج گروه جمعیتی مورد مطالعه، بیشترین مقدار شاخص‌های تنوع جمعیت نظیر تعداد الل مؤثر (54/1) شاخص شانون (46/0) و تنوع ژنی نی (31/0) مربوط به جمعیت IV بود که این نتایج بیانگر وجود تنوع بیشتر در این جمعیت در مقایسه با سایرین می‌باشد. این نتایج سطح بالایی از تنوع ژنتیکی را در میان مواد ژنتیکی مورد مطالعه نشان داد که می‌توان از پتانسیل آن در برنامه‌های به‌نژادی استفاده نمود. علاوه بر این، یافته‌های این پژوهش مشخص نمود که SCoT و CBDP به‌عنوان نشانگرهای هدفمند ژنی، نشانگرهایی مناسب و قابل‌ اعتماد جهت انگشت‌نگاری DNA و بررسی تنوع ژنتیکی در جمعیت‌های گیاهی می‌باشند.