دوره 17، شماره 2 - ( 4-1401 )
جلد 17 شماره 2 صفحات 170-161 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Shams S, Ismaili A, Nazarian-Firouzabadi F, Mumivand H. Large Scale Identification of SSR Molecular Markers in Satureja khuzistanica Jamzad and Satureja rechingeri Jamzad. MGj 2022; 17 (2) :161-170
URL: http://mg.genetics.ir/article-1-1731-fa.html
URL: http://mg.genetics.ir/article-1-1731-fa.html
شمس سمیه، اسماعیلی احمد، نظریان فیروزآبادی فرهاد، مومیوند حسن. شناسایی نشانگرهای مولکولی ریزماهواره در مقیاس گسترده در مرزه خوزستانی و مرزه رشینگری. فصلنامه علمی ژنتیک نوین. 1401; 17 (2) :161-170
دانشگاه لرستان
چکیده: (737 مشاهده)
مرزه از خانواده Lamiaceae، گیاهی دارویی است که به‌طور گسترده در مناطق جنوبی ایران می‌روید. گونه‌های مختلف این گیاه، دارای خواص دارویی زیادی مانند خاصیت آنتی‌اکسیدانی و کاربردهای پزشکی می‌باشند. فقدان نشانگرها و به‌ویژه نشانگر ریزماهواره، تحقیقات ژنتیکی در این گیاه را بسیار محدود کرده است. لذا در این مطالعه، به‌ترتیب 271907 و 225534 رونوشت با میانگین طول 1079 و 1018 باز و مقدار N50 برابر 1802 و 1740 برای مرزه خوزستانی و رشینگری به‌دست آمد. از فرآیند سرهم‌بندی خوانش‌های کوتاه حاصل از توالی‌یابی ترانسکریپتوم گیاه مرزه خوزستانی و مرزه رشینگری به‌منظور شناسایی نشانگرهای ریزماهواره استفاده شد. در مطالعه حاضر، 44624 و 34546 مکان ریزماهواره به‌ترتیب در گونه مرزه خوزستانی و مرزه رشینگری شناسایی شد. در میان این نشانگرها، موتیف‌های دو نوکلئوتیدی و پس از آن تک و سه نوکلئوتیدی بالاترین فراوانی را نشان دادند. نتایج بلاست رونوشت‌های حاوی ریزماهواره نشان داد که در گونه‌های مرزه خوزستانی و مرزه رشینگری به‌ترتیب 27/72 و 32/75 درصد از رونوشت‌ها دارای حداقل یک رکورد در پایگاه پروتئین‌های غیر تکراری بودند. تفسیر کارکردی از طریق جستجوی همسانی و هستی‌شناسی ژن‌ها (GO) انجام شد. در مجموع، 14792 (4/33 درصد) رونوشت حاوی نشانگر SSR در مرزه خوزستانی و 12480 (12/36 درصد) رونوشت حاوی نشانگر SSR در مرزه رشینگری به سه گروه GO طبقه‌بندی شدند. تجزیه و تحلیل هستی‌شناسی ژن گزارش داد که اکثر رونوشت‌های سرهم‌بندی شده به گروه عملکرد مولکولی (MF) مرتبط هستند. 45 درصد از کل رونوشت‌های حاوی ریزماهواره به 401 مسیر اختصاص داده شدند، که در آن‌ها بیوسنتز متابولیت‌های ثانویه پس از مسیرهای متابولیتی دومین مسیر با حدکثر تعداد عضو شناسایی شد. نشانگرهای ریزماهواره شناسایی شده از ترانسکریپتوم مرزه برای اولین بار در دنیا گزارش می‌شوند و می‌توانند منبع مؤثری برای برنامه‌های اصلاح این گیاه دارویی باشد.
نوع مطالعه: پژوهشی کامل |
موضوع مقاله:
ژنتیک گیاهی
دریافت: 1400/6/26 | پذیرش: 1401/1/24 | انتشار: 1401/4/18
دریافت: 1400/6/26 | پذیرش: 1401/1/24 | انتشار: 1401/4/18
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
