منابع ژنتیکی مرغ اهلی طیف وسیعی از نژادها و جمعیت‌‌ها را شامل می‌‌شود که در اندازه بدن، رنگ پوست، وزن زنده، تولید تخم و گوشت بسیار متنوع هستند. در مطالعه حاضر جهت بررسی روابط فیلوژنتیکی، تنوع ژنتیکی و همخونی از داده‌‌های توالی‌یابی کل ژنوم، تعداد 54 مرغ از جد مشترک (مرغ جنگلی قرمز)، اکوتیپ‌های بومی و لاین تجاری استفاده شد. میانگین 98 میلیون خوانش کوتاه با استفاده از نرم‌افزارهای بیوانفورماتیکی پردازش و چند شکلی‌های تک نوکلئوتیدی فراخوانی شدند. ساختار ژنتیکی جمعیت‌ها با کمک نرم‌افزار‌هایAdmixture ، SNPhylo  و پکیج SNPRelate بررسی شد. نرم‌افزار Plink جهت انجام کنترل کیفیت و محاسبه همخونی و نرم‌افزار VCFtools جهت برآورد تنوع ژنتیکی در جمعیت‌های مورد نظر ‌به‌کار برده شد. نتایج بررسی ساختار ژنتیکی نشان داد که کمترین فاصله ژنتیکی با جد مشترک مربوط به اکوتیپ لاری بود و بیشترین و کمترین سهم SNP مشترک با مرغ جنگلی قرمز به‌ترتیب مربوط به لاین گوشتی آرین و لاین تخم‌گذار لگهورن بود. همخونی در لاین‌های تجاری (آرین و لگهورن) تقریبا دو برابر اکوتیپ‌های بومی بود. تنوع ژنتیکی در اکوتیپ‌های بومی (به‌ترتیب لاری، خزک و مرندی) بیشتر از لاین‌های تجاری مشاهده شد. نتایج ما اهمیت استفاده از نشانگرها در کل ژنوم را جهت آگاهی در مورد هموزیگوسیتی بالقوه مضر و جلوگیری از دست دادن تنوع ژنتیکی در اکوتیپ‌های بومی را نشان می‌دهد. تنوع ژنتیکی در اکوتیپ‌های بومی تنها می‌تواند از طریق برنامه‌های اصلاحی سازمان‌دهی ‌شده حفظ شود.