دوره 17، شماره 4 - ( 12-1401 )
جلد 17 شماره 4 صفحات 385-375 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Mohammadi H, Najafi A, Shamsollahi M. Genome wide association study based on pathway analysis relate to growth traits in sheep. MGj 2023; 17 (4) : 2
URL: http://mg.genetics.ir/article-1-1757-fa.html
URL: http://mg.genetics.ir/article-1-1757-fa.html
محمدی حسین، نجفی ابوذر، شمس اللهی محمد. مطالعه پویش کل ژنوم برپایه آنالیز مسیر مرتبط با صفات رشد در گوسفند. فصلنامه علمی ژنتیک نوین. 1401; 17 (4) :375-385
دانشگاه اراک
چکیده: (580 مشاهده)
پژوهش حاضر با هدف مطالعه پویش کل ژنوم بر اساس آنالیز غنیسازی مجموعههای ژنی برای شناسایی جایگاه‌های ژنی مؤثر بر صفات رشد با استفاده از آرایه‌های ژنومی 50K بوده است. بدین منظور از اطلاعات رکورد‌های فنوتیپی و ژنوتیپی مرتبط با اوزان تولد (BW)، شیرگیری (WW)، شش ماهگی (6MW) و دوازده ماهگی (12MW) 240 رأس از گوسفند نژاد هوی استفاده شد. ابتدا آنالیز پویش کل ژنومی برای صفات رشد در برنامه TASSEL انجام شد. سپس با استفاده از بسته نرم افزاری biomaRt2 برنامه R ژنهای معنیداری که در داخل و یا 15 کیلوباز بالا و پایین دست نشانگرهای معنیدار قرار داشتند، شناسایی گردید. در نهایت تفسیر مجموعه ژنی با بسته نرم افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژنهای نزدیک به مناطق انتخابی و ژنهای کاندیدا از طریق پایگاه‌های GO، KEGG، DAVID و PANTHER انجام شد. با تجزیه و تحلیل غنیسازی مجموعههای ژنی، مسیرهای زیستی و )ژنهای کاندیدای) Regulation of skeletal muscle cell proliferation وActin filament polymerization (IGFBP4 و MYOD1) مرتبط با صفت BW، Regulation of anatomical structure morphogenesis،regulation of muscle system process و cell junction (BMP2، THBS1 و MYH10)،Regulation of skeletal muscle tissue development با صفت WW و Regulation of anatomical structure size (FGF2، ANGPTL4، TGFBR3 و ACTR3) با صفت 6MW و Anatomical structure morphogenesis، Positive regulation of ossification و Cellular response to growth factor stimulus (MMP7، ACTA2، EGR1 و MYBPC3) با صفت 12MW شناسایی شدند. مسیرهای شناسایی شده عملکرد‌های مهمی را در ارتباط با رشد و توسعه عضلات اسکلتی، متابولیسم گلوکز، فرآیند استخوانسازی، اندازه بدن، ترکیب عضله و تنظیم یون کلسیم بر عهده داشتند. ژنهای کاندیدای گزارش شده در این پژوهش میتوانند درک روشنی از پایه مولکولی مربوط به صفات رشد در گوسفند را ایجاد کنند. نتایج حاصل از این پژوهش میتواند دیدگاه جدیدی در رابطه با معماری ژنتیکی صفات رشد در برنامههای اصلاح نژادی گوسفند ایجاد کند.
شماره‌ی مقاله: 2
نوع مطالعه: پژوهشی کامل |
موضوع مقاله:
ژنتیک جانوری
دریافت: 1400/11/24 | پذیرش: 1401/9/21 | انتشار: 1402/2/2
دریافت: 1400/11/24 | پذیرش: 1401/9/21 | انتشار: 1402/2/2
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
