ارزیابی تنوع ژنتیکی گشنیز برای برنامه‌های اصلاحی و حفاظت از ذخایر ژنتیکی اهمیت زیادی دارد. در این تحقیق، با هدف بررسی ساختار جمعیت‌های گشنیز ایران، تعداد20 جمعیت گشنیز که از نواحی مختلف کشور جمع‌آوری شده بود، با استفاده از 10 نشانگر ISSR مورد ارزیابی قرار گرفتند. این نشانگرها در مجموع تعداد 111 بند در جمعیت‌های مورد بررسی ایجاد کردند که از این تعداد،80 قطعه چندشکل بوده و میانگین چندشکلی از 2/0 تا 35/0 به ازای هر آغازگر متفاوت بود. به‌منظور تعیین کارایی نشانگرها، محتوای اطلاعاتی چندشکلی (PIC) و همچنین درصد چندشکلی آن‌ها محاسبه شد. میانگین درصد چندشکلی تعیین شده در مجموع جمعیت‌های مورد بررسی 2/72 بود. آغازگر P2 با دارا بودن تنوع و قدرت تمایز در میان جمعیت‌ها، آغازگر‌ بهتری جهت بررسی تنوع ژنتیکی در میان جمعیت‌های گشنیز ایران بود. نتایج حاصل از گروه‌بندی تجزیه خوشه‌ای به روش UPGMA بر اساس ضریب تشابه جاکارد جمعیت‌ها را در سه گروه طبقه‌بندی نمود. بر اساس نتایج این تحقیق، گشنیزهای ایران دارای تنوع ژنتیکی بالایی بوده و نشانگر ISSR به‌خوبی قادر به تفکیک جمعیت‌های گشنیز می‌باشد. وجود تنوع ژنتیکی زیاد بین جمعیت‌های گشنیز این امکان را فراهم می‌سازد تا به‌نژادگران از این تنوع ژنتیکی وسیع برای انجام تلاقی‌های هدفمند به‌منظور پیشبرد برنامه‌های اصلاحی و راهبردهای حفاظتی این گونه گیاهی بهره‌برداری کنند.