الگوی ترجیح کدونی (CUB)، به‌عنوان الگوی استفاده غیر­تصادفی از کدون­های مشابه که اسیدآمینه­های مختلف را در ژنوم رمز­گذاری می­کنند، تعریف می­شود که عوامل مختلفی از جمله جهش و انتخاب در شکل­گیری آن­ها مؤثر هستند و از آنجایی‌ که این الگوها مرتبط با بیان و ترجمه ژن­ها می­باشند، می­توان از آن­ها در فرآیند انتخاب دام‌ها بهره جست. در این مطالعه به بررسی الگوی ترجیح کدونی ژن­های متفاوت بیان شده ین دو جمعیت گاو هلشتاین و کلیستانی و ارتباط آن با بیان ژن پرداخته می­شود. در این مطالعه، از نتایج آنالیز بیان ژن افتراقی دو داده‌RNA-Seq  به‌ترتیب مربوط به ادغام 40 و 45 نمونه خون کامل از گاوهای ماده هلشتاین (Bos taurus) و کلیستانی (Bos indicus) استفاده شد. الگوی ترجیح کدونی بر اساس شاخص‌هایی ازجمله ENC، GC3S، CAI و GC برای ژن­های متفاوت بیان شده بین این دو جمعیت گاو محاسبه شد. آنالیز ترجیح کدونی برای نواحی ORF ژن­های متفاوت بیان شده بین دو جمعیت هلشتاین و کلیستانی نشان داد که همبستگی بالایی بین مقادیر شاخص GC کل و GC3S وجود دارد. این موضوع حاکی از تأثیر مقدار GC و جهش به‌عنوان عامل مهم در ایجاد کدون­های مختلف ­می­باشد. هم‌چنین، همبستگی بین شاخص ENC و GC3S نشان داد که جهش مهم­ترین عامل در شکل­گیری کدون­ها بوده است. همبستگی بین شاخص CAI، که عمدتاً برای پیش­بینی سطوح بیان ژن به کار می­رود، با شاخص ENC نشان‌دهنده ارتباط بین الگوی ترجیح کدونی و بیان ژن بود. این مطالعه مقایسه­ای بین نمونه­هایی از دو زیرگونه گاو، به درک بهتر ساز و کارهای تکاملی شکل­گیری الگوی ترجیح کدونی و نیز بررسی ارتباط آن با بیان ژن کمک می‌نماید.