Askari Rad A, Fayazi J, Nazari M, Hajjari M. Prediction of nonsynonymous SNP consequences in heat shock protein 70 (Hsp70) gene of bubalus bubalis on structure and function of its protein. MGj 2018; 13 (1) :175-179
URL:
http://mg.genetics.ir/article-1-53-fa.html
عسکری راد آرزو، فیاضی جمال، نظری محمود، حجاری محمدرضا. پیشبینی اثراتSNP غیرمترادف ژن Hsp70گاومیش بر ساختار و عملکرد پروتئین آن. فصلنامه علمی ژنتیک نوین. 1397; 13 (1) :175-179
URL: http://mg.genetics.ir/article-1-53-fa.html
دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان، گروه علوم دامی
چکیده: (2125 مشاهده)
پیشرفتهای اخیر در توالییابی DNA و الگوریتمهای محاسباتی منجر به تشخیص اسنیپهایی با ارزش بالاتر شدهاست. از طرفی مطالعه آزمایشگاهی آللهای حاصل از اسنیپها دشوار و زمانبر است. در این تحقیق از چندین الگوریتم محاسباتی برای بیان تاثیر ساختار و عملکرد اسنیپهای ژن پروتئین شوک حرارتی70 (HSP70) بر عملکرد پروتئین در ژنوم گاومیش استفاده شد. HSP70 یک چاپرون مولکول است که در پاسخ به استرس بیان میشود. از سویی دیگر گاومیش یکی از دامهای مقاوم به استرس گرمایی است. در این بررسی از تراشه اسنیپ 90K افیمتریکس در112 گاومیش خوزستانی و اطلاعات توالی منتشر شده برای گاومیش هندی استفاده شدهاست. در Data Set گاومیش خوزستانی اسنیپی یافت نشد، اما در Data Set گاومیش هندی، یک اسنیپ تشخیص داده شد. آنالیز اسنیپ M5T (Methionine/Threonine) با استفاده از نرمافزارهایSIFT, PROVEAN انجام شد. SIFT با محاسبه ضریب 1 و الگوریتم PROVEAN با محاسبه ضریب 33/0 این جهش یا اثر اسنیپ را غیر مخرب و پروتئین را با عملکرد طبیعی نشان دادند. الگوریتم I-mutant که برای بررسی ثبات پروتئین جهش یافته hsp70 استفاده شد و تاثیر اسنیپ بر پایداری و استحکام پروتئین را با کمک رگرسیون براساس تغییر در انرژی آزاد (47/0DDG=) پیشبینی میکند، نشان داد که اسنیپ Met5Thr در دمای 25درجه سانتیگراد و 7pH= ثبات پروتئین را کمی کاهش میدهد. اعتبارسنجی مدل بهکمک نقشههای راماچاندران و Prosa Z-Score حاکی از انحراف جزئی در پروتئین جهشیافته در مقایسه با مدل طبیعی است. داکینگ مولکولی نحوه اتصال HSP70 به لیگاندش آدنوزین دی فسفات (ADP) در هر دو مدل طبیعی و جهشیافته نشان میدهد که جهش منجر به کاهش پایداری پروتئین و تغییر ساختار آن میشود که ضمن تغییر ساختار جایگاه اتصال لیگاند نیز تغییر میکند. با این وجود بهطورکلی جهش پیدا شده تاثیر مخرب و بزرگی بر ساختار پروتئین در این بررسی نشان نمیدهد.
نوع مطالعه:
پژوهشي کوتاه |
موضوع مقاله:
ژنتیک جانوری دریافت: 1398/7/9 | پذیرش: 1398/7/9 | انتشار: 1398/7/9