با توجه به اهمیت پژوهش­های مرتبط با تنش­ غیر­زیستی، پژوهش حاضر در راستای شناسایی نشانگر‌های مولکولی که ارتباط معنی­داری با صفات مرتبط با تحمل تنش در برنج دارند، انجام گرفت. این بررسی با استفاده از 36 نشانگر­ ریزماهواره (SSR) و 59 ژنوتیپ برنج در دو شرایط نرمال و تنش خشکی انجام شد. 36 نشانگر ریزماهواره در مجموع 189 آلل با میانگین 25/5 آلل در هر مکان ژنی مشاهده شد. نشانگر5647  RMدارای بیش‌ترین تعداد آلل (12) و نشانگر­های RM462 و 6022  RM دارای کمترین تعداد آلل(2) بودند. میانگین محتوای اصلاعات چند شکل (PIC) 58/0 برآورد شد و نشانگرRM 5647  با 81/0 بیشترین وRM 6022  با 32/0 کمترین PIC را نشان دادند. به‌طور کلی 29 متغییر شامل 21 صفت زراعی به‌همراه هشت شاخص تحمل به تنش (SSI، STI، MP، GMP، HM،YSI ،TOL  و SST ) ارزیابی­شد.  تجزیه ارتباط با استفاده از ماتریس ساختار جمعیت و با مدل­های آماری GLM و MLM با استفاده از نرم‌افزار TASSEL  برای 29 متغیر انجام شد. مدلMLM  توانست در شرایط نرمال 11 نشانگر و در شرایط تنش خشکی 22 نشانگر معنی‌دار را شناسایی نماید. در شرایط نرمال بالاترین ضریب تببین مربوط به نشانگرRM5780  بود که 92/29 درصد تغییرات عملکرد را توجیه کرد و در شرایط تنش خشکی بالاترین ضریب تبیین مربوط به نشانگر RM519 بود که  69/39 درصد از تغییرات روز تا خوشه دهی را به خود اختصاص داد. برای هشت شاخص تحمل مورد بررسی، 6 نشانگر معنی‌دار شناسایی شد. بالاترین درصد توجیه تغییرات فنوتیپی به نشانگر  RM441با 11/26 درصد به شاخص TOL اختصاص داشت. با توجه به نتایج، پیش‌بینی می­شود استفاده از نشانگرهای ریزماهواره ردیابی شده در این پژوهش در صورت تأیید و پس از اختصاصی شدن، با اطمینان زیادی در برنامه‌های انتخاب به‌کمک نشانگر امکان پذیر باشد.