لاله واژگون (Fritillaria imperialis) از جمله گیاهان دارویی و زینتی با ترکیبات دارویی متعدد می‌باشد که در طب سنتی استفاده می‌شود. استروئید­آلکالوئید به‌عنوان ترکیب مؤثر اصلی در این گیاه است که دارای خواص ضد­توموری، ضد­آلرژی و خنثی­کننده اثر استیل­کولین می­باشد. در این مطالعه اسکوالن سنتاز (SQS) به‌عنوان ژن کلیدی در مسیر بیوسنتز استروئید آلکالوئید‌ها از داده­های ترنسکریپتوم حاصل از RNA-Seq  لاله واژگون انتخاب شد. توالی این ژن شباهت معنی‌داری با توالی‌های ژنSQS  گیاهان گلدار موجود در پایگاه اطلاعات داده‌هایNCBI  از طریق Blastx نظیر Fritillaria thunbergii، Phoenix dactylifera وFritillaria unibracteata داشت. نتایج حاصل از انجام هم‌ردیفی باclustal w  نشان داد که این توالی‌ها در نواحی حفاظت شده منطبق بودند. نتایج تجزیه پروموتور نشان داد که پروموتر ژن SQS در لاله واژگون شامل عناصر پاسخ به نور، خشکی، جاسمونیک اسید، اکسین، عنصر پرموتوری هسته، تقویت‌کننده و سایر عناصر دیگر بود. حضور این عناصر تنظیمی نقش کلیدی در تنظیم بیان ژن در مراحل مختلف رشدی، پاسخ به محیط و تولید متابولیت ثانویه را نمایان می‌کند. تجزیه و تحلیل بیان ژن SQS در بافت­های مختلف (برگ، پیاز، گلبرگ، کاسبرگ، تخمدان، بساک و میوه) در سه مرحله­ی مختلف نموی (شامل مرحله طویل شدن ساقه، مرحله توسعه گل و مرحله پر شدن دانه) ارزیابی شد. بالاترین میزان بیان ژن SQS در تخمدان، مرحله‌ی طویل شدن ساقه به‌دست آمد. بیان زیاد پتانسیل این ژن را در بهینه‌سازی تولید متابولیت ثانویه نشان می­دهد. بررسی آماری نشان داد که اختلاف معنی‌داری در میزان بیان ژن SQS لاله واژگون در بافت‌ها و طی مراحل نموی مختلف وجود دارد.