شکمبه را به‌عنوان یکی از ظریف‌ترین و پیشرفته‌ترین سیستم‌های هضم سلولزی در طبیعت توصیف کرده‌اند. میکروبیوم موجود در شکمبه با اتصال و کلونیزه شدن روی مواد غذایی و ترشح آنزیم‌های تجزیه‌کننده فیبر، ترکیبات لیگنوسلولزی را تجزیه و به ترکیبات قابل استفاده برای حیوان میزبان تبدیل می‌کنند. هدف از این تحقیق شناسایی و درک ارتباط بین مهم‌ترین باکتری‌هایی است که طی انکوباسیون کاه برنج در شکمبه آن را کلونیزه می‌کنند. هم‌چنین در این مطالعه اثر استفاده از دو نوع داده متفاوت حاصل از تعیین توالی مبتنی بر آمپلیکون (ناحیۀ V3-V4 ژن 16S rRNA) و مبتنی بر کل متاژنوم بر روی آنالیز اجتماعات میکروبی چسبیده به کاه برنج با یکدیگر مقایسه شدند. در این مطالعه از سه راس گوسفند نژاد شال فیستوله شده برای انکوبه کردن کاه برنج در دوره­های زمانی 24، 48، 72 و 96 ساعت استفاده شد. پس از جداسازی باکتری‌ها و استخراج DNA، از دو روش Illumina Miseq 300PE و Hiseq4000, 100bp PE به‌ترتیب برای تعیین توالی ناحیۀ V3-V4 ژن 16S rRNA و کل متاژنوم استفاده شد. پروفایل تاکسونومیکی و آنالیز تنوع و غنای میکروبی برای هر دو مجموعه داده، تهیه و با یکدیگر مقایسه شد. نتایج نشان داد که یک اثر هم‌افزایی و همپوشانی بین اعضای فیلوم‌های شناسایی شده وجود دارد و با در نظر گرفتن فراوانی نسبی به‌نظر می‌رسد که اعضای فیلوم‌های Firmicutes، Fibrobacter و Spirochaetes نقش حیاتی در این زمینه ایفا می‌کنند. یک همبستگی ضعیف بین دو روش تعیین توالی مورد استفاده مشاهده شد. شاخص‌ترین وجه تمایز بین دو روش تعیین توالی، شناسایی باکتری‌ها در سطح گونه بود که روش Hiseq به لحاظ پوشش ژنومی و نوع الگوریتم تشخیصی قدرتمندتر ظاهر شد. هم‌چنین مشاهده شد که نوع نرم‌افزارهای انتخابی برای طبقه‌بندی تاکسونومیکی می‌تواند نقش حیاتی و حتی قدرت تفکیک بیش‌تری نسبت به نوع تکنولوژی انتخابی برای تعیین توالی کل متاژنوم و هم‌چنین نوع ناحیه انتخاب شده برای تکثیر و توالی‌یابی ژن هدف داشته باشد.