زیتون به‌عنوان یکی از مهم‌‌ترین گیاهان باغی شناخته می­شود که دارای بیش از 1200 رقم کاملاً متمایز و تعداد فراوانی رقم وحشی در جهان است. در این مطالعه تنوع ژنتیکی موجود در یک مجموعه از ارقام زیتون ایرانی و خارجی با استفاده از نشانگرهای ISSR ارزیابی شد. در مجموع 16 آغازگر، 190 قطعه تکثیر یافت که 172 قطعه از آن‌ها (52/90 درصد) چند شکل بود. میانگین شاخص‌های قدرت تمایز (Rp) و محتوای اطلاعات چند شکل (PIC) به‌ترتیب برابر با 22/10 و 45/0 بود که بیانگر قابلیت آغازگرهای استفاده شده در ارزیابی تنوع ژنتیکی بود. نتایج تجزیه واریانس مولکولی (AMOVA) نشان داد که 7 درصد از تغییرات کل، مربوط به تنوع بین گروهی و 93 درصد از تغییرات مربوط به تنوع درون گروهی ارقام و ژنوتیپ‌های زیتون بود. میانگین درصد مکان‌های چند شکل (PPL)، تعداد آلل‌های مشاهده شده (Na) و مؤثر (Ne)، اطلاعات شانون (I) و تنوع ژنتیکی (H) به‌ترتیب برابر با 11/82 درصد، 73/1، 43/1، 39/0 و 26/0 بود و ارقام ایرانی نسبت به خارجی از نظر کلیه پارامترهای تنوع ژنتیکی دارای مقادیر بالاتری بودند. روابط ژنتیکی بین ارقام مورد بررسی با استفاده از تجزیه خوشه‌ای بررسی شد و نتایج به‌دست آمده نشان داد که کلیه ارقام درون سه گروه اصلی قرار گرفتند. نتایج تجزیه به مختصات اصلی (PCoA) نیز تأیید‌کننده نتایج حاصل از تجزیه خوشه‌ای بود. به‌طور کلی، نتایج حاصل از این مطالعه نشان داد نشانگرهای ISSR استفاده شده به‌طور مطلوبی قادر به منعکس نمودن میزان تنوع ژنتیکی و روابط بین ارقام زیتون هستند. از این‌رو، استفاده از این آغازگرها در سایر مطالعات ژنتیکی مانند نقشه‌یابی QTL و تجزیه ارتباطی قابل توصیه می‌باشد.