پروتئین شوک حرارتی در کلستروویروس‌ها نقش­های متعددی به‌ویژه حرکت سلول- به- سلول را برای ایجاد آلودگی سیستمیک بر عهده دارد. در پژوهش حاضر، تفاوت ژنتیکی ژن همولوگ پروتئین شوک حرارتی (HSP70h) جدایه‌های ایرانی ویروس زردی کلروتیک کدوئیان و همچنین فشار انتخاب وارد شده بر آن­ها بررسی شد .به این منظور تعداد 195 نمونه با علایم زردی، کوتولگی و بدشکلی برگ­ها از مزارع کدوئیان استان سیستان و بلوچستان جمع‌آوری و با استفاده از آغازگرهای اختصاصی، از منطقه ژنتیکی پروتئین همولوگ شوک حرارتی ویروسCCYV  قطعه‌ای به‌طول 462 جفت‌باز برای 15 نمونه توسط روش RT-PCR تکثیرشد و 7 جدایه مورد بررسی فیلوژنتیکی قرار گرفت. نتایج به‌دست آمده نشانگر آلودگی 7 درصد نمونه‌ها به ویروس زردی کلروتیک کدوئیان در مناطق مورد بررسی بود. آنالیزفیلوژنی توالی‌های نوکلئوتیدی و اسید آمینه‌ای جدایه‌های CCYV را به دو گروه ایرانی و شرق آسیا تقسیم نمود و جدایه‌های سیستان و بلوچستان در دو شاخه مجزا قرارگرفتند. هم‌ردیفی توالی اسیدآمینه فرضی پروتئین همولوگ شوک حرارتی و مطالعات فشار انتخاب بر روی 7 جدایه موجود در تحقیق با 3 جدایه ایرانی و جدایه­های خارجی این ویروس نشان داد که ژن HSP70h در جدایه­های ایرانی و سایر جدایه­های این ویروس تحت فشار انتخاب مثبت در کدون 82 قرار دارند که منجر به تغییر یک اسید نوکلئیک (CTC به TTC) به‌ترتیب برای جدایه‌های مرکزی و جدایه­های زابل، هیرمند و نیمروز در موقعیت 244 شده و اسید آمینه لوسین به فنیل آلانین در پروتئین همولوگ شوک حرارتی تغییر نموده است. نتایج نشان‌دهنده وجود جدایه‌های متنوع ویروس CCYV  در کشور بوده و تفاوت در توالی نوکلئوتیدی و اسیدآمینه‌ای می‌تواند حاکی از تفاوت در منشا میزبانی باشد بنابراین فشار انتخاب در تنوع ژنتیکی جدایه‌ها دخالت داشته است.