یکی از روش‌های نوین مورد استفاده در برنامه‌های اصلاحی در گیاهان شناسایی مکان‌های صفت کمی (QTL) در ژنوم به‌کمک نشانگرهای مولکولی است. به‌منظور شناسایی QTL برای صفات کیفیت نانوایی نظیر محتوای پروتئین، حجم رسوب زلنی، حجم نان، حجم رسوب SDS، میزان جذب آب، درصد رطوبت، شاخص گلوتن، الاستیسیته گلوتن، گلوتن مرطوب، شاخص سختی دانه و وزن هزار دانه در گندم نان، یک جمعیت ژنتیکی متشکل از 169 لاین اینبرد نوترکیب (RIL) حاصل از تلاقی SeriM82 و Babax در رابطه با صفات فوق مورد ارزیابی قرار گرفت. برای شناسایی QTL از نقشه پیوستگی که با استفاده از 249 نشانگر AFLP، 264 نشانگر DarT و 74 نشانگر SSR تهیه‌ شده بود و شامل 29 گروه لینکاژی بود، استفاده شد. در مجموع سی QTL برای صفات مورد مطالعه در شرایط نرمال و تنش به‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌دست آمد که سه QTL برای محتوای پروتئین، شش QTL جهت گلوتن مرطوب، دو QTL مربوط به حجم نان، دو QTL جهت حجم رسوب زلنی، شش QTL جهت وزن هزار دانه و سه QTL مربوط به شاخص گلوتن شناسایی شد؛ و واریانس فنوتیپی توجیه شده به‌وسیله این QTL‌های شناسایی ‌شده بین 05/0 تا 47/21 درصد متغیر بود و LOD در دامنه 50/2 – 08/6 قرار داشت. QTL‌های شناسایی‌ شده بعد از اعتبارسنجی می‌توانند در برنامه‌های اصلاحی و گزینش به‌کمک نشانگر مورداستفاده قرار گیرند.