دوره 20، شماره 1 - ( 7-1404 )
جلد 20 شماره 1 صفحات 45-35 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Ghaffari F, Rostamzadeh Mahdabi E, Asadi Fozi M, Esmailizadeh A. Genomic scanning of selection signature and key genes associated with the genetic deafness disorder in three dog breeds based on microarray data. MGj 2025; 20 (1) : 4
URL: http://mg.genetics.ir/article-1-1865-fa.html
URL: http://mg.genetics.ir/article-1-1865-fa.html
غفاری فرناز، رستم زاده الهه، اسدی فوزی مسعود، اسمعیلی زاده علی. پویش ژنومی نشانه‌های انتخاب و ژنهای کلیدی مرتبط با اختلال ژنتیکی ناشنوایی در سه نژاد سگ مبتنی بر داده های ریزآرایه. فصلنامه علمی ژنتیک نوین. 1404; 20 (1) :35-45
دانشگاه شهید باهنر کرمان
چکیده: (220 مشاهده)
عملکرد شنوایی برای سگسانان به جهت ابزاری مهم ارتباطی حیوان با محیط اهمیت زیادی دارد و شناسایی ژنومیکس صفت شنوایی و اختلال ناشنوایی از افقهای تحقیقاتی مهم در این زمینه می باشد. با این انگیزه تحقیقاتی، هدف پژوهش حاضر، شناسایی نواحی تحت انتخاب مربوط به ناشنوایی در اطلاعات موجود ژنوم سه نژاد سگ (استرالین کتل داگ، دالماتین و انگلیش ستر) میباشد. بدینمنظور، از داده های ژنوتیپی حاصل از تراشه های 220 هزارتایی نشانگرهای تک نوکلئوتیدی مربوط به مجموع ۵۰۳ سگ از این سه نژاد استفاده شد. جهت تجریه و تحلیل داده های بیوانفورماتیکی، کنترل کیفیت و پیش پردازش داده های خام توسط نرم افزار plink انجام شد. برای فیلترینگ داده های ژنومی از معیارهای فراوانی نمونه های تعیین ژنوتیپ شده، نرخ تعیین ژنوتیپ نشانگرها در هر نمونه، تعادل هاردی-واینبرگ و فراوانی آلل نادر (MAF) استفاده گردید، و در نهایت تعدادنشانگرهای باقیمانده بعد از انجام مراحل مختلف کنترل کیفیت، به مجموع ۶۲۰۲۶ نشانگر رسید. همچنین، جهت شناسایی نشانه های انتخاب از روشهای مبتنی بر تمایزفراوانی آللی (Fst) و توالی های متوالی هموزیگوت (ROH) استفاده شد. در نهایت، ژن های واقع در نواحی تحت انتخاب با استفاده از وب سایتهای بیوانفورماتیکی شناسایی شدند. بطور خلاصه نتایج نشان داد که ژنهای مختلفی از جمله SOX10،KIT، PAX3، MITF ،CDH23 ، CD164 ،MYO15A واقع بر کروموزوم‌های مختلفی در بروز اختلال ناشنوایی این سه نژاد سگ نقش دارند. این مطالعه اولین مطالعه در زمینه شناسایی نشانه های انتخاب مرتبط با ناشنوایی در این سه نژاد محسوب میشودکه میتواند منبع اطلاعات ارزشمندی در راستای شناسایی ژنهای مرتبط با ناشنوایی در این سه نژاد فراهم کند.
شماره‌ی مقاله: 4
واژه‌های کلیدی: سگ های استرالین کتل داگ، دالماتین، انگلیش ستر، مناطق ژنگانی، ناشنوایی، نشانه انتخاب
نوع مطالعه: پژوهشی کامل |
موضوع مقاله:
ژنتیک جانوری
دریافت: 1403/5/6 | پذیرش: 1404/6/29 | انتشار: 1404/7/15
دریافت: 1403/5/6 | پذیرش: 1404/6/29 | انتشار: 1404/7/15
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
