دوره 20، شماره 1 - ( 7-1404 )                   جلد 20 شماره 1 صفحات 45-35 | برگشت به فهرست نسخه ها

XML English Abstract Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Ghaffari F, Rostamzadeh Mahdabi E, Asadi Fozi M, Esmailizadeh A. Genomic scanning of selection signature and key genes associated with the genetic deafness disorder in three dog breeds based on microarray data. MGj 2025; 20 (1) : 4
URL: http://mg.genetics.ir/article-1-1865-fa.html
غفاری فرناز، رستم زاده الهه، اسدی فوزی مسعود، اسمعیلی زاده علی. پویش ژنومی نشانه‌های انتخاب و ژنهای کلیدی مرتبط با اختلال ژنتیکی ناشنوایی در سه نژاد سگ مبتنی بر داده های ریزآرایه. فصلنامه علمی ژنتیک نوین. 1404; 20 (1) :35-45

URL: http://mg.genetics.ir/article-1-1865-fa.html


دانشگاه شهید باهنر کرمان
چکیده:   (3 مشاهده)
عملکرد شنوایی برای سگسانان به جهت ابزاری مهم ارتباطی حیوان با محیط اهمیت زیادی دارد و شناسایی ژنومیکس صفت شنوایی و اختلال ناشنوایی از افقهای تحقیقاتی مهم در این زمینه می باشد. با این انگیزه تحقیقاتی، هدف پژوهش حاضر، شناسایی نواحی تحت انتخاب مربوط به ناشنوایی در اطلاعات موجود ژنوم سه نژاد سگ (استرالین کتل داگ، دالماتین و انگلیش ستر) می‏باشد. بدینمنظور، از داده­ های ژنوتیپی حاصل از تراشه های 220 هزارتایی نشانگرهای تک نوکلئوتیدی  مربوط به مجموع  ۵۰۳ سگ از این سه نژاد استفاده شد. جهت تجریه و تحلیل داده های بیوانفورماتیکی، کنترل کیفیت و پیش پردازش داده‏ های خام توسط نرم افزار plink انجام شد. برای فیلترینگ داده ‏های ژنومی از معیار‏های فراوانی نمونه ‏های تعیین ژنوتیپ شده، نرخ تعیین ژنوتیپ نشانگر‏ها در هر نمونه، تعادل هاردی-واینبرگ و فراوانی آلل نادر (MAF) استفاده گردید، و در نهایت تعدادنشانگرهای باقیمانده بعد از انجام مراحل مختلف کنترل کیفیت، به مجموع ۶۲۰۲۶  نشانگر رسید. همچنین، جهت شناسایی نشانه‏ های انتخاب از روش‏های مبتنی بر تمایزفراوانی آللی (Fst) و توالی های متوالی هموزیگوت (ROH) استفاده شد. در نهایت،  ژن های واقع در نواحی تحت انتخاب با استفاده از وب سایت­های بیوانفورماتیکی شناسایی شدند. بطور خلاصه نتایج نشان داد که ژن‌های مختلفی از جمله SOX10،KIT، PAX3، MITF ،CDH23 ، CD164 ،MYO15A  واقع بر کروموزومهای مختلفی در بروز اختلال ناشنوایی این سه نژاد سگ نقش دارند. این مطالعه اولین مطالعه در زمینه شناسایی نشانه­ های انتخاب مرتبط با  ناشنوایی در این سه نژاد محسوب می‏شودکه می‏تواند منبع اطلاعات ارزشمندی در راستای شناسایی ژن‏های مرتبط با  ناشنوایی در این سه نژاد فراهم کند.
شماره‌ی مقاله: 4
متن کامل [PDF 668 kb]   (1 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشی کامل | موضوع مقاله: ژنتیک جانوری
دریافت: 1403/5/6 | پذیرش: 1404/6/29 | انتشار: 1404/7/15

ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA

ارسال پیام به نویسنده مسئول


بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.

کلیه حقوق این وب سایت متعلق به فصلنامه علمی ژنتیک نوین می باشد.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

© 2025 CC BY-NC 4.0 | فصلنامه علمی ژنتیک نوین

Designed & Developed by : Yektaweb