دوره 14، شماره 1 - ( 3-1398 )                   جلد 14 شماره 1 صفحات 85-88 | برگشت به فهرست نسخه ها

XML English Abstract Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Amiri Ghanatsaman Z, Esmailizadeh Koshkoiyeh A, Asadi Fozi M. Detection of deletions and insertions in genome of Iranian dogs and wolves with the method whole genome sequencing. MGj. 2019; 14 (1) :85-88
URL: http://mg.genetics.ir/article-1-39-fa.html
امیری قنات‌سامان زینب، اسمعیلی‌زاده کشکوئیه علی، اسدی‌فوزی مسعود. شناسایی ایندل‌ها در ژنوم سگ و گرگ بومی ایران با روش توالی‌یابی کل ژنوم. فصلنامه علمی ژنتیک نوین. 1398; 14 (1) :85-88

URL: http://mg.genetics.ir/article-1-39-fa.html


بخش مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران
چکیده:   (35 مشاهده)

حذف و درج (ایندل) یکی از اجزای اصلی تنوع ژنتیکی و فنوتیپی است که نسبت به چند ریختی‌های تک نوکلئوتیدی و تنوع‌های ساختاری کمتر مورد توجه قرار گرفته است. به‌منظور شناسایی ایندل‌های موجود در ژنوم سگ و گرگ ایرانی و ارزیابی گروه‌های عملکردی مرتبط با آن‌ها، 5/287 گیگابایت داده حاصل از توالی‌یابی کل ژنوم شش قلاده سگ (دو سگ تازی از استان کردستان و یک سگ قهدریجانی از استان اصفهان) و گرگ (از استان‌های تهران، همدان و کرمان) با میانگین عمق پوشش X 16 و درصد همپوشانی 47/99 با ژنوم مرجع سگ آنالیز شد. در این تحقیق برای افزایش دقت و صحت ایندل‌‌‌های شناسایی شده، از الگوریتم قدرتمند شناسایی واریانت (HaplotypeCaller) استفاده شد. بیش از سه میلیون ایندل (باز 73-1) حاصل شد. اکثر ایندل‌ها (18/95 درصد) کوچک‌تر از 10 باز بودند. مقایسه نتایج مستند‌سازی ایندل‌های ژنوم در سگ و گرگ نشان داد که درصد ایندل‌های ژنوم در نواحی اگزون و ناحیه غیر قابل ترجمه (RNA utr ʹ3) در سگ بیش‌تر از گرگ است. بنابراین فرآیند اهلی‌سازی احتمالاً سبب افزایش تنوع ژنتیکی در نواحی اگزون و ناحیه غیر قابل ترجمه RNA (utrʹ3) شده‌است.

متن کامل [PDF 314 kb]   (12 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي کوتاه | موضوع مقاله: ژنتیک جانوری
دریافت: ۱۳۹۷/۸/۱۴ | پذیرش: ۱۳۹۸/۳/۲۶ | انتشار: ۱۳۹۸/۷/۷

ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA

ارسال پیام به نویسنده مسئول


کلیه حقوق این وب سایت متعلق به فصلنامه علمی ژنتیک نوین می باشد.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

© 2019 All Rights Reserved | فصلنامه علمی ژنتیک نوین

Designed & Developed by : Yektaweb